1 細菌分類（臨床的分類）
| 大分類 | 中分類 | 小分類 | Genus（属） ジーヌス（ゾク） |
|---|---|---|---|
| グラム陽性球菌 GPC | 連鎖状 chain | Streptococcus | |
| Enterococcus | |||
| ブドウ状 cluster | Staphylococcus | ||
| グラム陰性桿菌 GNR | 小桿菌 | Haemophilus | |
| Pasteurella | |||
| Bordetella | |||
| Brucella | |||
| Francisella | |||
| Bartonella | |||
| ブドウ糖発酵菌 | 腸内細菌科細菌 | Escherichia | |
| Klebsiella | |||
| Salmonella | |||
| Shigella | |||
| Yersinia | |||
| Serratia | |||
| Proteus | |||
| Providencia | |||
| Morganella | |||
| Citrobacter | |||
| Enterobacter | |||
| ビブリオ科 | Vibrio | ||
| エロモナス科 | Aeromonas | ||
| ブドウ糖非発酵菌 | Pseudomonas | ||
| Burkholderia | |||
| Acinetobacter | |||
| Stenotrophomonas | |||
| グラム陰性球菌 GNC | Moraxella | ||
| Neisseria | |||
| グラム陽性桿菌 GPR | 芽胞形成菌 | 嫌気性菌 | Clostridium |
| Clostridioides | |||
| Bacillus | |||
| 芽胞非形成菌 | Corynebacterium | ||
| Listeria | |||
| 嫌気性菌 | グラム陽性 | Lactobacillus | |
| Erysipelothrix | |||
| Peptococcus | |||
| Peptostreptococcus | |||
| Ruminococcus | |||
| Propionibacterium | |||
| Bifidobacterium | |||
| Eubacterium | |||
| グラム陰性 | Bacteroides | ||
| Prevotella | |||
| Porphyromonas | |||
| Fusobacterium | |||
| Leptotrichia | |||
| Streptobacillus | |||
| Veillonella | |||
| 抗酸菌 | Mycobacterium | ||
| 放線菌 | Actinomyces | ||
| Nocardia | |||
| スピリルム | Campylobacter | ||
| Helicobacter | |||
| Arcobacter | |||
| Spirillum | |||
| スピロヘータ | Treponema | ||
| Borrelia | |||
| Leptospira | |||
| Brachyspira | |||
| 非定型菌 | 細胞外増殖性 | Mycoplasma | |
| Ureaplasma | |||
| 通性細胞内増殖性 | Legionella | ||
| 偏性細胞内増殖性 | クラミジア | Chlamydophila | |
| Chlamydia | |||
| リケッチア | Rickettsia | ||
| Orientia | |||
| Coxiella | |||
| Ehrlichia | |||
| Anaplasma | |||
| Neorickettsia | |||
| 真菌 | 酵母 | 子嚢菌 | Candida |
| 担子菌 | Cryptococcus | ||
| Trichosporon | |||
| 子嚢菌 | Malasettia | ||
| 糸状菌 | 子嚢菌 | Aspergillus | |
| 接合菌 （ムーコル） | Mucor | ||
| Rhizomucor | |||
| Rhizopus | |||
| Lichtheimia(Absidia) | |||
| Cunninghamella | |||
| 子嚢菌 | Trichophyton | ||
| 培養不能 | Pneumocystis | ||
| 二形性真菌 | Coccidioides | ||
| Histoplasma | |||
| Paracoccidioides | |||
| Blastomyces | |||
Penicillium（Talaromyces ） | |||
細菌分類（学術的分類）
| Phylum（門） フィラム（モン） | Class（綱） クラス（コウ） | Order（目） オーダー（モク） | Family（科） ファミリー（カ） | Genus（属） ジーヌス（ゾク） |
|---|---|---|---|---|
| Actinobacteria | Actinobacteria | Actinomycetales | Actinomycetaceae | Actinomyces |
| Bifidobacteriales | Bifidobacteriaceae | Bifidobacterium | ||
| Micrococcales | Micrococcaceae | Micrococcus | ||
| Mycobacteriales | Corynebacteriaceae | Corynebacterium | ||
| Mycobacteriaceae | Mycobacterium | |||
| Nocardiaceae | Nocardia | |||
| Propionibacteriales | Propionibacteriaceae | Propionibacterium | ||
| Bacteroidetes | Bacteroidia | Bacteroidales | Bacteroidaceae | Bacteroides |
| Porphyromonadaceae | Porphyromonas | |||
| Prevotellaceae | Prevotella | |||
| Flavobacteriia | Flavobacteriales | Weeksellaceae | Chryseobacterium | |
| Chlamydiae | Chlamydiia | Chlamydiales | Chlamydiaceae | Chlamydia |
| Chlamydophila | ||||
| Firmicutes | Bacilli | Caryophanales | Bacillaceae | Bacillus |
| Listeriaceae | Listeria | |||
| Staphylococcaceae | Staphylococcus | |||
| Lactobacillales | Enterococcaceae | Enterococcus | ||
| Lactobacillaceae | Lactobacillus | |||
| Streptococcaceae | Streptococcus | |||
| Clostridia | Eubacteriales | Clostridiaceae | Clostridium | |
| Eubacteriaceae | Eubacterium | |||
| Oscillospiraceae | Ruminococcus | |||
| Peptococcaceae | Peptococcus | |||
| Peptostreptococcaceae | Clostridioides | |||
| Peptostreptococcus | ||||
| Erysipelotrichia | Erysipelotrichales | Erysipelotrichaceae | Erysipelothrix | |
| Negativicutes | Veillonellales | Veillonellaceae | Veillonella | |
| Fusobacteria | Fusobacteriia | Fusobacteriales | Fusobacteriaceae | Fusobacterium |
| Leptotrichiaceae | Leptotrichia | |||
| Streptobacillus | ||||
| Proteobacteria | Alphaproteobacteria | Hyphomicrobiales | Bartonellaceae | Bartonella |
| Brucellaceae | Brucella | |||
| Rickettsiales | Ehrlichiaceae | Anaplasma | ||
| Ehrlichia | ||||
| Neorickettsia | ||||
| Rickettsiaceae | Orientia | |||
| Rickettsia | ||||
| Sphingomonadales | Sphingomonadaceae | Sphingomonas | ||
| Betaproteobacteria | Burkholderiales | Alcaligenaceae | Achromobacter | |
| Alcaligenaceae | Alcaligenes | |||
| Alcaligenaceae | Bordetella | |||
| Burkholderiaceae | Burkholderia | |||
| Comamonadaceae | Comamonas | |||
| Neisseriales | Neisseriaceae | Neisseria | ||
| Nitrosomonadales | Spirillaceae | Spirillum | ||
| Gammaproteobacteria | Aeromonadales | Aeromonadaceae | Aeromonas | |
| Enterobacterales | Enterobacteriaceae | Citrobacter | ||
| Enterobacter | ||||
| Escherichia | ||||
| Klebsiella | ||||
| Salmonella | ||||
| Shigella | ||||
| Hafniaceae | Edwardsiella | |||
| Hafnia | ||||
| Morganellaceae | Morganella | |||
| Proteus | ||||
| Providencia | ||||
| not assigned to family | Plesiomonas | |||
| Yersiniaceae | Serratia | |||
| Yersinia | ||||
| Legionellales | Coxiellaceae | Coxiella | ||
| Legionellaceae | Legionella | |||
| Lysobacterales | Lysobacteraceae | Stenotrophomonas | ||
| Pasteurellales | Pasteurellaceae | Haemophilus | ||
| Pasteurella | ||||
| Pseudomonadales | Moraxellaceae | Acinetobacter | ||
| Moraxella | ||||
| Pseudomonadaceae | Pseudomonas | |||
| Thiotrichales | Francisellaceae | Francisella | ||
| Vibrionales | Vibrionaceae | Vibrio | ||
| Epsilonproteobacteria | Campylobacterales | Arcobacteraceae | Arcobacter | |
| Campylobacteraceae | Campylobacter | |||
| Helicobacteraceae | Helicobacter | |||
| Spirochaetes | Spirochaetes | Brachyspirales | Brachyspiraceae | Brachyspira |
| Leptospirales | Leptospiraceae | Leptospira | ||
| Spirochaetales | Borreliaceae | Borrelia | ||
| Treponemataceae | Treponema | |||
| Tenericutes | Mollicutes | Mycoplasmatales | Mycoplasmataceae | Mycoplasma |
| Ureaplasma |
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