和傳統的水洗、日曬處理法不同，厭氧發酵是一種近幾年才興起的咖啡豆處理法。比較特別的是使用這種處理法的咖啡豆喝起來會帶有一些許發酵感和酒感。這種特殊的風味可能喜歡的人會很喜歡，也可能有的人表示不太能接受。
基本上常見的厭氧處理有兩種，一種是單純密封，依靠微少的空氣與咖啡櫻桃中的微生物進行兼性厭氧發酵。另一種則是將咖啡櫻桃放入一個完全密閉的空間後，向裡面注入大量二氧化碳的方式來將氧氣排出，盡可能杜絕微生物的有氧代謝。使用不同方式處理的咖啡豆在口味的表現上也會有很大的差異。
在厌氧的环境下，ph值会以一个更缓慢的速度下降，延长发酵时间，藉此发展出更佳的甜味以及更平衡的风味。与有氧发酵相比，厌氧发酵还能够产生不同的酸，如乳酸，会使最终的咖啡具有鲜明的风味。再加上厌氧的过程能让咖啡发酵更均匀，整个过程更易于监控；而有氧发酵过程则会更复杂。但厌氧发酵的时间较长，再加上干燥的时间，总处理时间较长，成本也更高。
這項處理法最早是由2015年WBC冠軍的Sasa Sestic 引起的一波潮流，到了2018年WBC大賽時，前六名的參賽者，甚至有五位都使用了“厭氧發酵處理法”的咖啡豆參賽，獨到迷人之處，可見一斑。
基本上常見的厭氧處理有兩種，一種是單純密封，依靠微少的空氣與咖啡櫻桃中的微生物進行兼性厭氧發酵。另一種則是將咖啡櫻桃放入一個完全密閉的空間後，向裡面注入大量二氧化碳的方式來將氧氣排出，盡可能杜絕微生物的有氧代謝。使用不同方式處理的咖啡豆在口味的表現上也會有很大的差異。在厌氧的环境下，ph值会以一个更缓慢的速度下降，延长发酵时间，藉此发展出更佳的甜味以及更平衡的风味。与有氧发酵相比，厌氧发酵还能够产生不同的酸，如乳酸，会使最终的咖啡具有鲜明的风味。再加上厌氧的过程能让咖啡发酵更均匀，整个过程更易于监控；而有氧发酵过程则会更复杂。但厌氧发酵的时间较长，再加上干燥的时间，总处理时间较长，成本也更高。
